Fue el día 15 de Abril de 1949 cuando salía por primera vez en la procesión del Santo Entierro el “paso” de María Magdalena siendo escoltada por 115 penitentas, de ahí que se le conozca popularmente como el paso de las penitentas. Antes de su primera aparición por las calles logroñesas, existía un nutrido grupo de fieles a la imagen que exigían la creación de un nuevo paso procesional, que permitiera participar a un considerable número de mujeres en señal de penitencia y la Magdalena cubría con creces esa necesidad. Con el esfuerzo de ocho cofrades se solicitó al Cabildo y Párroco de la Concatedral la intención de sacar en paso procesional a María Magdalena Penitente.

En el año 1952 D. Isaac Ángel Castillo y D. José Cestafe se integraron en la sección infantil de la Hermandad. Fue entonces cuando el paso de las Penitentas comenzaba a aumentar su número de portadores.

Será en 1979 cuando se funda la cofradía aunque salió por primera vez como tal en 1980. D. Ángel Isaac Castillo fue elegido Hermano Mayor y continuando en el cargo de tesorero D. José Cestafe. Este mismo año se enriquece el paso con unas andas nuevas que realzan la figura y lo totalizan. Dos hermosos faroles completan el conjunto.

En 1982 por iniciativa de D. Ángel Castillo se crea el paso pequeño de la Magdalena que acompaña a la imagen pequeña de Nuestra Señora de la Soledad en la procesión del Viernes de Dolor. Las andas fueron donadas por el impulsor y elaboradas por una serie de cofrades. En 1992 se incorpora a la cofradía una Banda de Tambores, timbales y bombos y ese mismo año se cambia el hábito.

Con el comienzo de siglo la cofradía se propone tener una procesión propia en la que María Magdalena sea la protagonista, por lo que se acuerda procesionar en la noche del Jueves Santo a las 24:00 horas, y sobre todo rodeada de un silencio absoluto, el cual solo se vea roto por el constante golpeo de las varas de los portadores contra el suelo. La idea es muy bien acogida por la Hermandad de Cofradías y sobre todo por el pueblo logroñés, convirtiéndose en una de las procesiones más significativas de la Semana Santa Logroñesa.